III. Selim tarafından köklü değişikliklerin yapıldığı dönemin hazırlandığı, bazen yüksek bazen düşük ama sürekli bir değişimin olduğu dönem olarak tanımlamak daha doğru olacaktır.
İşte bu değişim döneminde de muhalefet hiçbir zaman kaybolmamış ve her zaman isyan boyutunda olmasa da birçok kez kendini göstermiştir. III. Selim döneminde ise bu muhalefet üç kez belirgin ve çatışma düzeyinde ortaya çıkmıştır.
a) Selimiye Camii Vakası- İsyanı 1805
b) II. Edirne Vakası 1806
c) Nizam-ı Cedit ve Kabakçı Mustafa isyanı (Vaka-yı Selimiye) 1807
Nizam-ı Cedit ve Kabakçı Mustafa isyanı (Vaka-yı Selimiye) 1807
III. Selim Avusturya ve Rusya’yla Ziştovi ve Yaş Antlaşmaları ile barışı sağladıktan sonra çok uzun zamandır planladığı yenilik hareketlerini 1793 yılında Nizam-ı Cedit ordusunu kurarak başlattı. Yeni ordu Levent çiftliğinde talimlere başladı. 1.600 asker İstanbul’a diğer 12.000 kişi ise diğer vilayetlere gönderildi. Nizam-ı Cedit ordusunda uygulanan talim zamanla imparatorluğun çoğu yerinde uygulanmaya başlandı. Rus gemilerinin İstanbul Boğazı’na hareketlerini durdurmak için İstanbul ve Karadeniz’in muhtemel noktalarına da Nizam-ı Cedit programı uygulanmıştır. Fransa ve Prusya’dan getirilen uzman ve danışmanlar bu yeni ordunun kurulmasında yardımcı oldular. Nizam-ı Cedit ordusu Mısır’ın savunmasında başarılı oldu ancak 1806-1812 Osmanlı-Rus Savaşı’nda Ruslara karşı fazla bir başarı gösteremedi.
Bu arada yeniçeriler arasında Nizam-ı Cedit’e karşı olan rahatsızlık git gide büyümekteydi. 1807 yılında yeniçeriler Nizam-ı Cedit ordusunun kaldırılması talebiyle Kabakçı Mustafa’nın liderliği altında ayaklandılar. III. Selim Nizam-ı Cedit ordusunu dağıtmak ve 29 Mayıs 1807 tarihinde de kendisi tahttan çekilmek zorunda kaldı. III. Selim’in yerine tahta geçen IV. Mustafa’nın döneminde Osmanlı başkentinde büyük bir kargaşa yaşandı. Yeniçeriler şehirde bir terör ortamı yarattılar.
Eski Nizam-ı Cedid askerlerini kapı kapı dolaşarak bulup öldürdüler. Padişahın hiçbir otoritesi kalmadı. Eski Nizam-ı Cedid taraftarlarından Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa bu kargaşaya son vermek ve III. Selim’i tekrar tahta geçirmek amacıyla bir ordu oluşturarak İstanbul’a yürüdü. Alemdar Mustafa Paşa saray kapısında ordularıyla bekleyerek IV. Mustafa’yı tahttan inmeye zorlamaktayken IV. Mustafa kendisi yerine tahta çıkarılabilecek iki Osmanlı hanedanı üyesini boğdurtmaya karar verdi. Böylece hanedanın tek üyesi olarak kaldığı için kendisinin tahtta bırakılacağını hesaplamıştı.
III. Selim kendisini boğmak için saraydaki odasına gelen cellatlarla büyük bir mücadele verdi ama sonunda can verdi. IV. Mustafa’nın adamları padişahın kardeşi şehzade Mahmut’u da öldürmek istediler ancak Mahmut saklanarak ölümden kurtuldu. Bu sırada sabrı taşan Alemdar Mustafa Paşa askerleriyle saraya girdiğinde III. Selim’in naaşıyla karşılaştı.
Bu esnada şehzade Mahmut can güvenliğinin sağlandığını görünce ortaya çıktı ve IV. Mustafa’nın yerine tahta çıkarıldı. Böylece III. Selim yapmak istediği yeniliklerin uğruna yaşamını kaybetmiş oldu. Ancak yerine geçen II. Mahmut III. Selim kadar yenilik yanlısı olmakla beraber siyasi bakımdan çok daha kurnaz davrandı. III. Selim’in yapmak istediği yenilikleri yapmakla kalmadı, III. Selim’in canına mal olan yeniçerileri de ortadan kaldırmayı başardı
