Osmanlı Devleti’nin devrinde ilk medrese Orhan Bey zamanında 1330 yılında Orhan Gazi Medresesi adıyla İznik’te kurulmuştur.
Daha sonra Osmalı Devleti’nin sınırları genişlemesiyle beraber Bursa ve Edirne başta olmak üzere pek çok şehirde medreseler açıldı. İstanbul’un fethinden sonra üst seviyedeki eğitim kurumları başkentte yoğunlaştı.
1331-1451 yılları arasında 82 adet medrese kurulmuştur.
1463-1471 yılları arasında kurulanlara Fatih medreseleri ya da Sahn-ı seman medreseleri denilir (Bu medreselerle birlikte süreye dayalı eğitim, ders geçme sistemine dayalı eğitime dönüştürülmüştür.).
1550-1557 yılları arasında kurulanlaraysa Süleymaniye medreseleri denir. Osmanlı Devleti’nin ilk tıp okulu Darüttıp Süleymaniye medreselerinde yer almıştır.
Tıbbi bilgilerin uygulamalarının yapıldığı Darüşşifa ve diğer bazı bölümler olan Darülakakir (Eczane), Darüzziyafe, Tabhane ve İmarethane ilk kez Süleymaniye medreselerinde yer almıştır.
Başlangıçta bütün eğitim faaliyetlerinin yapıldığı kurum olan medreseler, Tanzimat Döneminde yeni mesleki okulların açılması ile sadece din eğitimi verilen okullar haline getirildi.
Osmanlı devletinin son döneminde medreselerin ders programında ve teşkilat yapısında yeni düzenlemeler yapıldı. 1914 yılında Darü-l hilafeti-l Aliyye adı altında birleştirilen medreseler, Millî Mücadeleden sonra 03.03.1924 tarih ve 430 sayılı Tevhid-i Tedrisat Kanunu’nun birinci maddesi olan “Türkiye dahilindeki bütün müessesat-ı ilmiye ve tedrisiye Maarif Vekaleti’ne merbuttur” ifadesi ile Millî Eğitim Bakanlığı’na bağlanmış ve zamanın Millî Eğitim Bakanı Vasıf Bey de 13.03.1924 tarihli genelgesiyle medreseler üzerindeki tasarruf hakkını kullanarak medreseleri kapatmıştır.