Ruslar’la savaş başlayınca ordu Sadrazam İbrahim Hilmi Paşa ile birlikte Rumeli’ye hareket etti.Ruslar’la yapılan ilk çatışmalarla başarı kazanıldı.Ancak ordunun İstanbul’dan ayrılması ile meydan muhaliflere kaldı.
III.Selim de büyük hatalar yapmaktaydı. Nizâm-ı Cedid aleyhtarı olan Ataullah Efendi’yi şeyhülislam yaptığı gibi, el altındanŞehzade Mustafa ile anlaşan Köse Mustafa Paşa’yı da sadaret kaymakamlığına getirmişti.Bu iki kişiden cesaret alan Nizam-ı cedid aleyhtarı olan Ataullah Efendi’yi Şehyhülislam yaptığı gibi, el altından Şehzade Mustafa ile anlaşan Köse Mustafa Paşa’yı sadaret kaymakamlığına getirmişti.Bu iki kişiden cesaret alan Nizam-ı Cedid aleyhtarları her yerde padişahın aleyhine propaganda yaptılar.
Camilerde vaizler ”’Askere pantolon ve ceket giydiren padişaha Allah’ın yardım etmeyeceğini” söylediler. Dönemin önde gelen devlet adamlarından III.Selim muhalifi Tayyar Ahmet Paşa da ”Askerin kâfir elbisesi giydiğini, bunu emreden padişahın dine ve halka ihanet ettiğini” belirterek askeri ve halkı padişaha karşı tahrik etti.
Sadaret kaymakamı ve şeyhülislam ordunun İstanbul’da bulunmamasından istifade ederek Nizam-ı Cedid’i ortadan kaldırtmak için son hamleyi tasarladılar.Trabzon’dan getirilen 2000 asker Karadeniz Boğazı’nda bulunan kalelerdeki muhafız yamaklarına dahil edilerek, burada bulunan Nizam-ı Cedid askeri ile kaynaştırılmak istenmişti.
Sadaret Kaymakamı Musa Paşa bunları, ”Sizler de yeniçeri sayılırsınız. Frenk kılığına girmiş askerle niye konuşuyorsunuz. Sizler de Nizam-ı Cedid elbisesi giydirecekler giymezseniz kovulacaksınız” diye haberler göndererek tahrik etti.
Nizam-ı Cedid askeri ile yamaklar arasında kavgalar başladı.Köse Mustafa Paşa hadiselerin büyümesi için Boğaz Nazırı Mahmud Raif’e yamaklara da Nizam-ı Cedid elbisesi giydirilmesini emretti.Bunu haber alan yamaklar isyan ederek, Mahmud Raif ve bazı komutanları öldürdüler.Köse Mustafa Paşa, hadisenin önemli olmadığını belirterek padişahı oyaladı.Bir gün sonra Kabakçı Mustafa‘yı kendilerine reis seçen yamaklar İstanbul’a doğru hareket ettiler.Ancak Nizam-ı Cedid askerlerinden çekiniyorlardı.Köse Mustafa Paşa, Nizam-ı Cedid askerine kışlalarından çıkmama emrini vererek yamakların hareket sahasını genişletti.
Padişaha da yamakların hareketlerinden pişman olduklarını, ancak Nizam-ı Cedid askeri Boğaz’da bulundukça kendilerini emniyette hissetmediklerini söyledi.Musa Paşa’nın bu sözlerine inanarak, büyük bir hata işleyen III.Selim askerlerin Levent ve Selimiye’deki kışlalarına çekilmeleri emrini verdi.Bu sırada yamakların içerisine karışan Şehzade Mustafa taraftarları, onları kışkırtmaya devam ediyorlardı.Diğer askeri grupların ve ahalinin de katılımıyla asilerin sayısı arttı.
İsyanın büyüdüğünü gören padişah devlet ricalini toplantıya çağırdı.Ordunun İstanbul’a dönmesinin gerekliliği söylendiyse de III.Selim, Ruslar’ın önünün açılacağını belirterek, bunu kabul etmedi.İstanbul’da bulunan 13 bin Nizam-ı Cedid askeriyle de isyan bastırılabilirdi. Ancak padişah kan dökülmesini istemiyordu.Bu yüzden bir hatt-ı hümayun yayınlayarak Nizam-ı Cedid’i lağvettiğini ilan etti.
Bu taviz asilerin cesaretini iyice arttırdı.Köse Mustafa Paşa, padişahın yakını 11 kişinin isimlerini Kabakçı’ya vererek, bunların kellerini padişahtan istetti.Asilerin istediği kişilerin bir kısmı idam edildi.Daha sonra yeni istekleri olan İrad-ı Cedid hazinesi de ortadan kaldırıldı, ancak bu tavizlere rağmen asiler durulmuyordu.
Artık sıra padişahın tahttan indirilmesine gelmişti. Sultan IV.Mustafa’nın cülusuna dualar okundu ve padişaha tahttan çekilmedikçe askerlerin dağılmayacağını haberi gönderildi. Bu haberi alan III.Selim ”Allah’ın takdiri böyle imiş” diyerek hareme çekilip tahttan inmeyi kabul etti.
