Şehzade Mahmut, ağabeyi Sultan IV. Mustafa’nın 14 aylık saltanatı boyunca korku dolu günler geçirdi.
İstanbul’dan sağ kurtulup kaçabilen Nizam-ı Cedidciler Rumelide yenilikçi ve III. Selim yanlısı olan Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa’nın yanına sığınmışlardı. Tarihe Rusçuk yaranı diye geçen bu kişiler III. Selim’i tekrar tahta çıkarmaya karar vermişlerdi.
Alemdar Mustafa Paşa 28 Temmuz 1808’de 15.000 kişilik ordusu ile Sultan III. Selim’i tahta çıkarmak için Topkapı Sarayına dayandığında, tahtta bulunan Sultan IV. Mustafa, Sultan III. Selim ve kardeşi Şehzade Mahmud’un ölüm emrini verdi.
Haremdeki dairesinde feci şekilde öldürülen Sultan Selim’in cesedi Arz Odası’nın önünde bırakıldı ve Alemdar Mustafa Paşa sarayın Babüssade Kapısını kırdığında tahta çıkarmak için geldiği Sultan III. Selim’in cesedi ile karşılaştı.
Bunun üzerine Şehzade Mahmud’un derhal bulunup getirilmesini emretti. O sırada haremde Şehzade Mahmut’u katletmek için cellatlar ile Şehzadenin hizmetkarları arasında çatışmalar yaşanıyordu. Şehzadenin maiyetindeki cariyelerden Cevri Kalfa’nın hamam külhanından aldığı bir kase külü katillerin yüzüne avuç avuç atmasıyla kazanılan zamanla ağalar Şehzade Mahmud’u damdan kaçırmayı akıl ettiler.
Haremden kuşhane’nin damına geçen şehzade, kuşaklarla birbirine bağlanan iki merdivenle Baş İmam Hafız Ahmet Efendi ve arkadaşları tarafından Enderun avlusuna indirildi ve Alemdar Mustafa Paşa’nın bulunduğu yere getirildi. Oradan Hırka-i Saadet dairesine geçilerek Sultan II. Mahmud’a biat edildi.
Sultan II. Mahmud tahtı borçlu olduğu Alemdar Mustafa Paşa’yı sadrazamlığa getirdi. Tahta çıktığı ilk gün Sultan III. Selim’in ölümüne sebep olanlar birer birer idam edildi ve o gün sarayın kapısında 33 kesik baş sergilendi. Ancak Sultan II. Mahmud, Alemdar Mustafa Paşa’nın ısrarına rağmen ağabeyi Sultan IV. Mustafa’yı öldürtmedi.
Buna karşın Sultan IV. Mustafa, daha sonraları, 17 kasım 1808’de, yeniçeriler ile beraber tekrar tahta geçme planları yaptığı gerekçesiyle, şeyhülislam fetvası ile boğdurtulmuştur . Sultan II. Mahmut, hayatının kurtulmasını sağlayan Cevri kalfayı ise Hazinedarbaşılığına getirdi ve ona Çamlıca’da geniş arazi vererek, bir de köşk yaptırdı.
İstanbul’daki karışıklıklar ve güvensizlik nedeniyle Sultan Mahmut’un kılıç alayı uzun bir gecikmeden sonra 13 Eylül 1808’de yapıldı. O gün Topkapı Sarayı’ndan çıkılarak Seyf-i Nebevi’yi Silahdar Ağa alayın önünde taşırken Enderun müezzinleri tekbir getiriyor; Alemdarın seğmenleri de muhafızlık ediyordu. Sultan Mahmut, Eyüp Sultan’da Muhammed’in halifesi olduğu için ona izafe edilen kılıcı sağ tarafına atası Osman Gazi’nin kılıcını ise Osman oğullarının soy atası olması umut edildiği için sol tarafına kuşandı.
