III. Selim tarafından köklü değişikliklerin yapıldığı dönemin hazırlandığı, bazen yüksek bazen düşük ama sürekli bir değişimin olduğu dönem olarak tanımlamak daha doğru olacaktır.
İşte bu değişim döneminde de muhalefet hiçbir zaman kaybolmamış ve her zaman isyan boyutunda olmasa da birçok kez kendini göstermiştir. III. Selim döneminde ise bu muhalefet üç kez belirgin ve çatışma düzeyinde ortaya çıkmıştır.
a) Selimiye Camii Vakası- İsyanı 1805
b) II. Edirne Vakası 1806
c) Nizam-ı Cedit ve Kabakçı Mustafa isyanı (Vaka-yı Selimiye) 1807
a) Selimiye Camii Vakası- İsyanı 1805
Nihai olarak yeniçerilerin yerine geçmek üzere kurulan birliklere Levent çiftliğinde eğitim çalışmaları yapılırken, yeniçerileri gücendirmemek ve kendilerinin bir parçası sanısı vermek amacıyla da onlara Bostani Tüfekçisi ismi verilmişti. Ancak bu birliğe ayda 50 akçe gibi yüksek bir ücret ödenirken Yeniçeri Tüfekçisi’ne bunun yarısı kadar ücret ödenmekteydi, Bostani Tüfekçisi’ne ücretsiz olarak ve daha iyi et ve ekmek de veriliyordu.
Bu durum yeniçeriler arasında huzursuzluk yaratırken, Nizam-ı Cedid askerinden dışlanan ulema, esamelerden mahrum kalanlar ve Nizam-ı Cedid’i finanse etmek için ihdas edilen İrad-ı Cedid hazinesine ek katkıda bulunmak zorunda kalan ayanlar, mültezimler v.b. de bu değişimden hoşnut değildi.
1805 Nisan’da yapımı tamamlanan Selimiye Kışlasının yanındaki Selimiye Camii’nde yapılacak ilk selâmlık töreninde yeniçerilerin yerini Bostani Tüfekçi askerlerinin alacağı söylentisi, yeniçeriler tarafından uzun zamandır şüphelendikleri ocaklarının kaldırılması yolunda atılmış açık bir adım olarak yorumlanmış, Üsküdar’a geçen bazı yeniçeriler sağa sola ateş açmaya başlamış ve Üsküdar Kışlası’ndaki Bostani Tüfekçi Ocağı askerlerini ortadan kaldıracakları tehdidinde bulunmuşlardı.
Bunun üzerine III. Selim yönetimi geri adım atarak Selimiye Camii’ndeki selâmlığın başka bir tarihe ertelendiğini ilân etmiş, yeniçerilere de selamlık törenindeki geleneksel yerlerinin korunacağı teminatını vermişti.
